תעלת השורש מורכבת מתעלה ראשית ומתעלות משניות, אשר נמצאות על פני קיר התעלה וכן בסופה. כאשר החיידקים חודרים בשלב הראשוני הם מתרכזים בחלק העליון של תעלת השורש, וככל שחולף הזמן הם מתרבים וחודרים עמוק יותר אל התעלה וכן אל תוך התעלתיות.
המכשיר האנדודונטלי מאפשר לנו הרופאים להוציא את תוכן תעלת השורש, את העצבים ואת כלי הדם אשר נמצאים בתעלה אך יחד עם זאת יוצרים שכבת בוץ (שכבת מרח) על פני שטח התעלה. שכבה זאת מכילה חלקי רקמה שנשארה, חלקי דנטין מהקירות, וכן חלקי חיידקים. שכבה זאת מונעת ניקוי מלא של תעלתיות התעלה, חדירת חומרי שטיפות, וכן מונעת איטום מרבי של תעלת השורש. הצלחת טיפול השורש תלויה בהוצאת שכבת המרח, הרג חיידקים ואיטום של התעלה. טיפול במכשיר הלייזר בעזרתו של חומר שטיפה בתוך התעלה יכול לבצע מספר פעולות בו זמנית: הוצאת שכבת המרח, הריגת חיידקים בכל התעלה כולל באותם המקומות שהמכשור האנדודונטי וחומרי החיטוי לא מגיעים אליו, וכך מאפשר איטום מירבי של תעלת השורש ואת הצלחת הטיפול.
יתרון משמעותי נוסף לקרן הלייזר, הוא היכולת לטפל באוכלוסיות שהתקשו לקבל טיפול בשיטות הקונבנציונליות. ישנם אנשים בעלי רגישות לחומרי ההרדמה,
או אנשים אשר מטופלים בתרופות כגון מדללי דם, שאינם יכולים לקבל טיפול בשל הסיכון הכרוך בטיפולים המוכרים. באמצעות קרן הלייזר, יוכלו אותם אנשים ליהנות מטיפולי שיניים מתקדמים ואיכותיים, ולא להתפשר על פחות ממושלם.